Die Geschichte der jüdischen Gemeinde Homburg reicht bis in das 17. / 18. Jahrhundert zurück. Es gibt jedoch auch Quellen, die darauf hinweisen, dass bereits im Mittelalter Juden in Homburg lebten. Es ist allerdings nicht bekannt, ob sie sich dort auch niederließen. Die erste Erwähnung von Juden in der Neuzeit ist auf das Jahr 1686 datiert. Zunächst war nur ein Betsaal vorhanden. 1827 fing die Gemeinde an, sich über den Bau einer Synagoge Gedanken zu machen. Aber erst 1860 konnte die Gemeinde die profanierte Franziskaner Kirche (erbaut 1697-99) erwerben und zu einer Synagoge umbauen. Am 21. Februar 1862 fand die Einweihung statt. Während des Novemberpogroms 1938 wurde die Inneneinrichtung der Synagoge von SS-Leuten zerstört und der Davidstern am Nordgiebel wurde entfernt. 1939 ging das Gebäude in den Besitz der Stadt über. 1945 wurde das Gebäude bei Fliegerangriffen fast gänzlich zerstört. 1952 brachen der Dachstuhl und Teile der Umfassungsmauer ein. In den 1980er Jahren war geplant, die Ruine vollends abzureißen und auf dem Grundstück ein Mehrfamilienhaus mit Tiefgarage zu bauen. Jedoch wurde 1987 die Idee des Wiederaufbaus mit einer musealen Nutzung entwickelt. Von 2000 bis 2002 fanden die Restaurationsarbeiten statt, die die Innenräume wiederherstellten. Am 25. März 2003 wurde die Gedenkstätte eingeweiht. Im Inneren wurde eine Informationstafel mit Hinweisen zur Geschichte des Gebäudes angebracht.
Am Eingang findet sich eine kurze Hinweistafel mit dem Text: „Klosterkirche: 1697 – Fertigstellung der Franziskanerkirche; 1793 – Franziskaner Mönche verlassen das Kloster. Synagoge: 1862-1938 – Synagoge der jüdischen Gemeinde; 9./10.11 1938 – Schändung der Synagoge in der Reichspogromnacht. 2001 Sicherung der Ruine durch die Stadt.“