Nach dem Einmarsch der deutschen Wehrmacht im Mai 1940 wurde das Fort als Gestapogefängnis und als Sammellager genutzt. Etwa 6.000 belgische und 1.240 Franzosen wurden hier gefangen gehalten, allen voran Widerstandskämpfer und Regimegegner. Die Festung Huy war einer der zentralen Ausgangspunkte für Transporte aus Belgien in die nationalsozialistischen Konzentrationslager im Reichsgebiet. Ein Beispiel hierfür ist der Belgier Julien Lahaut, der als Kommunist am 22. Juni 1941 verhaftet und zunächst im Fort Huy inhaftiert wurde. Mit dem Transport vom 22. September 1941 kam er in das KZ Neuengamme und am 3. August 1944 wurde Lahaut in das KZ Mauthausen überstellt. Erst im Mai 1945 wurde er dort von den Alliierten befreit. In der Festung wurden außerdem Juden, Zwangsarbeiter und Schwarzhändler festgehalten, außerdem Bauern, die die Zahlung von Abgaben verweigerten. Unterhalb der Anlage befinden sich drei Gedenksteine für die fünf Widerstandskämpfer, die an dieser Stelle im April 1944 hingerichtet wurden, für die Zwangsarbeiter und für die in der Zitadelle verstorbenen Häftlinge und Widerstandskämpfer.