Wachenheim wurde bereits in der Mitte des 14. Jahrhunderts von Jüdinnen und Juden bewohnt. Der jüdische Friedhof ist dort im 16. Jahrhundert angelegt worden, was ihn zu einem der ältesten jüdischen Friedhöfe der Region macht. Urkundlich wird der Friedhof erstmals 1579 erwähnt. Der älteste vorhandene Grabstein stammt aus dem Jahr 1725. 1894 wurde auf dem ältesten Teil des Friedhofgeländes ein neues Tahara-Haus errichtet. Im Jahr 1893 ist der Friedhof geschändet worden, wobei 13 Grabsteine zerstört wurden. Während der nationalsozialistischen Diktatur blieb der Friedhof weitestgehend von Schändungen verschont. Im Gedenken an die zwischen dem 16. und 19. Jahrhundert verstorbenen Jüdinnen und Juden aus Wachenheim und Umgebung sind 1997 auf dem Friedhof am „Römerweg“ ungefähr 1000 Grabsteine aufgestellt worden.